Infrastruktur auf Linux или Infrastruktur von Linux ?

Я бы сказал "linux-basierte Infrastruktur".

Пример:

Gemeinsam mit unseren anderen Admins gestaltest du aktiv unsere linux-basierte Infrastruktur mit und bist für den Betrieb unserer Web-Dienste zuständig.

https://www.sevenval.com/de/jobs/linux-adminis...

вот это правильно?
Troubleshooting der Infrastruktur von Linux

Может так: Linux Troubleshooting или Troubleshooting in Linux?

Погуглите и увидите сами, как лучше сформулировать.

Может так: Linux Troubleshooting или Troubleshooting in Linux?

там не только траблешутинг Линя, а всей инфрастурктуры, которая на нём завязана

и Линь - для примера

Я совсем не в теме, поэтому привёл вам исключительно нагугленные мной примеры. Вы и сами можете погуглить и посмотреть, как это звучит по-немецки, чтобы ваши варианты не были "колхозными". Сорри.