В VII веке правитель Бидун восстанавливает цитадель и сооружает в ней замок, ╚по плану подобный созвездию Большой Медведицы╩. С тех пор крепость Арк и стала ядром феодальной Бухары: в ней расположились дворцы, правительственная канцелярия, храм, казначейство и тюрьма. Вокруг цитадели и начинает слагаться собственно город - шахристан, обведенный четырехугольником крепостных стен. С западной стороны простиралась площадь Регистан, за которой тянулись поместья феодалов, где среди зелени садов высились укрепленные замки. Вне шахристана стал формироваться торгово-ремесленный пригород (рабад), который в 850 году тоже был обнесен стенами.
Но эти стены не спасли город от нашествия армии правителя Арабского халифата. Защитники Бухары наносили сильные удары по арабским войскам, но путем обмана и вероломства тем удалось захватить город. Когда военачальник Кутейба взял Бухару, он потребовал, чтобы половина домов в городе была передана арабам, а жители близлежащих окрестностей должны были поставлять им дрова, съестные припасы и клевер для конницы.
Целое столетие в истории Бухары связано с арабским завоеванием, что, конечно же, отразилось на жизни города. Однако военные действия в течение столь длительного времени и неоднократные народные выступления не нанесли Бухаре серьезного ущерба: город ни разу не был взят штурмом и разграблен. В трудных случаях бухарцы предпочитали заключать пусть самый тяжелый мир, нежели держать изнурительную оборону.