В правление чужеземной династии гиксосов (ок. 1700 - ок. 1580 до н.э.), народа неясного происхождения из Передней Азии, город переживал период упадка, но именно Фивы начали завершившуюся победой войну за изгнание гиксосов. Яхмос, первый царь XVIII династии (ок. 1570 - ок. 1345 до н.э.), в конце концов разгромил завоевателей, но предпосылки успеха заложил старший брат Яхмоса Камос, последний правитель XVII династии, которому удалось объедининь Верхний Египет. Царские захоронения XVII династии были разграблены еще в древности, но кое-что из великолепной погребальной утвари сохранилось; для гробниц этого периода характерны находки инкрустированного оружия.
С XVIII династии началась эпоха Нового царства (ок. 1580 - ок. 1070 до н.э.), период расцвета древнего города и культа его верховного бога Амона - золотой век не только для Фив, но и для всего Египта. В течение многих столетий город оставался излюбленной резиденцией фараонов и сокровищницей, в которой скапливались богатства, собранные в качестве дани с покоренных земель. Сокровища Амона постоянно приумножались, а вместе с ними росли власть и влияние его жрецов, к числу которых принадлежали некоторые самые знатные египтяне.

Вход в гробницу египетского фараона Тутанхамона (правил ок. 1351 - 1342 до н.э.) в Долине Царей близ Фив.