По свидетельству Павла Алеппского, побывавшего в России в 1654 году, москвичи тщательно оберегали секреты своих укреплений и не позволяли иноземцам осматривать их. Излишне любопытных ожидало суровое наказание: "На этой неделе схватили одного, заметив, что он ходит и рассматривает городские стены, и представили его визирю. Его раздели и обвели по городу со связанными руками, причем за ним шел палач с кнутом из бычьих жил, непрестанно крича, что это шпион и что таково ему возмездие, и бил его до полусмерти".
В 1667 году по новому указу дозорщики Борис Ертагуланов и Михаил Трофимов еще раз осмотрели стены и башни Кремля. Картина, рисуемая описью, весьма плачевна. Стена во многих местах была разрушена настолько, что "людям был пролаз". Башни, изуродованные самовольно возведенными строениями, также не радовали глаз. Вот какой предстала перед дозорщиками Тайницкая стрельница: "А на башне чулан деревянный рубленый, а в чулане часы. Да на той башне две избы наставлены деревянные [...], а между изб и чулану, где часы стоят, сенишко, а в сенишке отход, из отходу сиречь свод идет на стену моча и от того своду будет поруха. А те его часовника хоромы не покрыты, кровля обвалилась, везде идет теча. [...] А Тайницкая башня не покрыта". Не лучше обстояло дело и с другими стрельницами. Следует подчеркнуть, что в Описи 1667 года нет никаких упоминаний о тайных подземных сооружениях Кремля.
Ремонтные работы в Московском Кремле тянулись до 1680 года. Тогда, вероятно, были починены сохранившиеся вылазы и слухи. Вполне возможно, что при государях Алексее Михайловиче и Федоре Алексеевиче Кремль получил новые тайники, искусство устройства которых во второй половине XVII столетия достигло наивысшего расцвета. В ту пору велось строительство новых и ремонт старых укреплений, многочисленные документы рассказывают о реставрации и создании вылазов и водозаборных тайников. Наряду с отдельными подземными ходами в пограничных крепостях и городах появляются настоящие лабиринты, служившие при необходимости укрытием для местного населения (таковые имелись, например, в Харькове). Подземными работами ведал Приказ каменных дел, под чьим начальством находились городовые и подкопные мастера. Московские послы по наказу государя при каждом удобном случае приглашали в Россию специалистов по подземной фортификации, обещая им всяческие льготы и привилегии. В мае 1673 года воевода смоленский Семен Михайлович Голицын сообщал царю Алексею Михайловичу, что в город прибыли "из Литовского рубежа Кандейской земли немцы Микулай да Юрья Климовы, подкопные мастера", а уговорил их перейти на службу в Москву подьячий Семен Протопопов, побывавший в Польше. Российские зодчие знакомились с опытом западных фортификаторов, да и сами придумывали немало и искусно устраивали горны (печи подземельные), противные подкопы и потерны.
Петр I не уделял особого внимания Московскому Кремлю. Только в 1701 году здесь началось строительство Оружейного дома - Арсенала, с обширными двухъярусными подвалами. Тогда был замурован тайный ход из Угловой Арсенальной башни; столбы, на которых покоился фундамент Арсенала, перерезали внутристенный ход из Угловой Арсенальной к Никольской башне и его ответвление. А вот тайные проходы в кремлевской стене от Угловой Арсенальной башни до Троицкой были сохранены и починены. В 1707 году. когда возникла угроза нападения на Москву шведского короля Карла XII, Петр 1 издал указ "о гораздом укреплении фортеции Московской". За два года Кремль и Китай-город были обнесены земляным валом с бастионами. По мнению академика А. И. Соболевского, тогда-то и были засыпаны тайные ходы и палаты. За два столетия, прошедших со времени возведения кремлевских и Китайгородских стен, произошли значительные изменения в военном деле. Появление новых видов оружия, средств и приемов осады потребовало и укреплений иного типа. В. Н. Татищев писал о старых крепостях: "Те каменные стены и башни со стрельбы пушечной камением от стен более вреда осажденным (доставляли.- Т. Б.), нежели сами ядра причиняют, тогда вместо оных стали делать раскаты и стены земляные". Так и поступили в Москве. Что же касается вылазов и слухов, то можно предположить следующее: петровские военачальники, о "сапах и подкопах с подкопщиками рассудя", порешили забить их землей.
При последующих правителях в XVIII-XX веках тайники обваливались от ветхости, замуровывались, перерезались фундаментами зданий, некоторые из подземных ходов были превращены в сточные каналы. В начале XIX века П. С. Валуев, причастный к уничтожению старинных построек Кремля, писал: "По понятию моему о пользе казны и славе моих государей, истребил я без огласки летом два застенка, яко памятники времен жестоких и бесчеловечных, употребя из них материал для исправления древностей[...]"
Как для Московской дворцовой конторы, так и впоследствии для комендатуры Московского Кремля древние подземные сооружения являли лишь досадную помеху. А посему остается только гадать, сколько еще уникальных памятников средневековой архитектуры было уничтожено "без огласки"...
Интерес к подземным тайнам Кремля испытывали многие историки, археологи, архитекторы. Однако в своих трудах они чаще всего лишь упоминали о существовании подземных сооружений древности, как, например, А. Ф. Малиновский в "Обозрении Москвы": "Под всем почти Кремлем сделаны были [...] подземные ходы с кладовыми палатами, прочно камнем выложенные, и с водопроводами из реки, на случай осады неприятеля". Попытки определить назначение, направление и протяженность тайников были весьма редки. Первым рискнул решительно "начертать" тайные ходы С. П. Бартенев. В 1912 году в книге "Московский Кремль в старину и теперь" он сообщил о двух подземных галереях-вылазах, тянувшихся от Тайницкой к Спасской и от Троицкой к Никольской башням, а оттуда в Китай-город. Несмотря на то что до сих пор неясно, откуда он взял сведения об этих тайниках (вероятнее всего, это была очередная версия), все последующие описатели Кремля, повествуя о его тайниках, усердно пересказывают С. П. Бартенева.