Из относительно недавнего опыта (РЗУ Берлин). Если в немецком СОР ребенка нет отчества (именно Patronym/Vatersname, а не просто как второе имя) то и при оформлении гражданства РФ отчество не оформляется. Его нельзя "дописать" в перевод СОР - такой перевод не заверит нотариус. Соответственно и в загранпаспорте ребенка, который оформляется строго на основании СОР, отчество также не появится. При этом в нашем Standesamt безболезненно (без суда и адвоката) получить Patronym в СОР можно только если у ребенка нет немецкого гражданства.

В отделе гражданства в Консульстве РФ сказали, что ребенок сможет сам себе оформить отчество в 14 лет при оформлении внутреннего паспорта в РФ. Правда или нет - не знаю, вопрос не особо важный и глубоко не копал.

Опять же из личного опыта: если ребенок будет расти в Германии, то лучше быть без отчества - очень часто немцы его интерпретируют как второе имя и это крайне неудобно.